Là ngành dịch vụ có nhiều cơ hội tăng trưởng nhưng thách thức của ngành cũng không hề nhỏ. Theo khảo sát của Vietnam Report, 3 thách thức lớn nhất của ngành vận tải và logistics Việt Nam hiện nay bao gồm: cơ sở hạ tầng như hệ thống cảng biển, kho bãi, kết nối… còn hạn chế, bất cập; hạn chế về quy mô vốn, trình độ quản lý, trình độ chuyên môn chưa cao; các loại thuế, phí cầu đường và phụ phí cao.